Au début du développement de Remository, il était nécessaire de trouver une expression ou un mot pour définir les endroits où ranger les fichiers. « catégories » n'était pas approprié car ce terme possède une signification spécifique dans Joomla et ne permet pas l'imbrication. « Dossiers » aurait pu être idéal, sauf que ce terme avait également une signification spécifique dans les premières versions de Remository.

Pour éviter toute confusion, il a été décidé d'appeler les emplacements destinés à recevoir des fichiers « conteneurs ». Remository traite tous les conteneurs de la même manière, qu'ils soient à la racine ou imbriqués à des niveaux inférieurs. Tout conteneur peut contenir d'autres conteneurs. Ceci peut être répété à n'importe quel niveau nécessaire pour l'application.

Remository est conçu de façon à ce que les options restent gérables, même avec un très grand nombre de conteneurs. Celles-ci ont été conçues pour être facilement compréhensibles par les utilisateurs.

Notez que si le référentiel est inséré dans l’arborescence de fichiers et non dans la base de données, les répertoires de l’arborescence de fichiers n'ont pas besoin de refléter la structure des conteneurs imbriqués. De plus, il est possible de déplacer des conteneurs, mais les fichiers ne seront pas déplacés dans l’arborescence de fichiers.

La seule exception à ce principe est que si l'interface d'administration de Remository est utilisée pour “ajouter des fichiers déjà sur le serveur”, les ajouts adopteront une structure de conteneur qui reflète la structure de répertoire de l'emplacement à partir duquel les fichiers sont ajoutés.